Ранее мы уже неоднократно говорили о том, что процесс верификации научных положений гораздо сложнее, чем какая-либо непосредственная проверка фактическими данными. И эта сложность тем выше, чем более абстрактной оказывается система научных утверждений, чем более высокий уровень универсальности она занимает. Теории значительной степени общности не говорят напрямую о каких-то эмпирических референтах, а описывают достаточно абстрактные объекты и их отношения. Поэтому для соотнесения этих теорий с реальностью, для осуществления удовлетворительных эмпирических интерпретаций требуются дополнительные конструкции, соглашения, теории вспомогательного уровня, частные схемы, специально адаптированные к эмпирическим приложениям. Так, например, классическая механика, выраженная в достаточно абстрактной форме, подтверждается (и применяется) с помощью теорий более конккретного уровня — теории удара, теории колебаний и т.п.
Процесс проверки новой теории начинается уже в ходе первоначальной разработки ее эскизов, теоретических схем. Конструктивное обоснование вводимой теоретической схемы — это уже одновременно ее первичная проверка. Также весьма сложными оказываются взаимоотношения теории с эмпирическим базисом. Еще раз подчеркнем, что контекст предметной области политеоретичен. Поэтому, как отмечалось ранее, при столкновении теории с противоречащими ей опытными данными происходит взаимодействие различных теоретических уровней, одни из которых интерпретируют факты, другие объясняют их какими-либо, часто конкурирующими между собой способами. В целом некоторое количество обнаруженных контрпримеров может и не повлиять на состояние теории, если она продолжает удовлетворительно решать ряд важных проблем; при этом нередко случается так, что контрпримеры со временем получают объяснение при дальнейшем развитии исходной теории. Однако контрпримеры могут расцениваться как существенно компрометирующие главенствующую теорию, если в это же время начинается восхождение другой теории, теории-конкурента, которая успешно объясняет эти же факты и обнаруживает прогрессивное продвижение к новым фактам и гипотезам.