Однако остается нераскрытым вопрос о работающих механизмах подобного регулирования, о действительном масштабе и критериях рациональности научного познания. Ведь констатируя, что научное сообщество пришло к согласию по какому-то вопросу, мы должны понять и те соображения, которые обусловили решение ученых, и оценить их меру рациональности. Если мы отвергаем возможность установить универсальные логические критерии выбора между теориями, то мы приходим к необходимости выявить какие-то другие реальные критерии, руководящие научным продвижением. Иными словами, перед нами встает проблема рациональности научного познания. Другая проблема касается содержания научных теорий. Она во многом связана с проблемой рациональности, но имеет и собственное значение. Речь идет о действительном концептуальном пересечении сменяющих друг друга теорий, о единстве научного знания вообще. Движение от парадигмы к парадигме, в общем, процесс некумулятивный. Уже говорилось, что новая парадигма не есть простое продолжение старой; переход к новой парадигме означает для ученых переход к качественно иному видению своей предметной области и бывает связан даже с мировоззренческой перестройкой.
Но если взаимопонимание представителей разных парадигм всякий раз оказывается затрудненным, а сама научная область после революции оказывается существенно (или даже радикально) обновленной, то возникает вопрос о постоянстве и изменчивости научного знания, о соотношении моментов преемственности и прерывистости в его динамике. Что остается константным, несмотря на революционные преобразования науки, а что оказывается преходящим? Является ли взаимонепонимание ученых в период смены парадигм неизбежным или же это фактор скорее психологического плана? Существуют и другие серьезные проблемы. Назовем в их числе следующие — проблему движущих сил научных революций, необходимость более детального анализа конкретных видов трансформаций научного знания (прежде всего различие больших революций и микроизменений), потребность более точно описать механизм появления и обоснования образцов решения задач в структуре теории. Проблемы, активизированные подходом Т. Куна, вызвали к жизни множество дискуссий. В ходе обсуждения различных точек зрения было ясно понятно, что научное познание представляет собой гораздо более сложную и многоплановую деятельность, чем это возможно было представить с точки зрения какой-либо универсально-нормативной теории единого научного метода.